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甘蓝EST-SSR标记的开发与应用

文献类型： 中文期刊

作者： 陈琛;庄木;李康宁;刘玉梅;杨丽梅;张扬勇;程斐;孙培田;方智远

作者机构：

关键词： 甘蓝;EST-SSR;标记开发;指纹图谱

期刊名称：园艺学报

ISSN： 0513-353X

年卷期： 2010 年 37 卷 02 期

页码： 221-228

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 从NCBI数据库下载62567条甘蓝相关EST,处理后得到19611条无冗余的EST,对其进行SSR搜索,共得到1219条SSR,分布在1176条EST上,分布密度为1/11.48kb,包括273种重复基元。在甘蓝EST-SSR中,二核苷酸(353个SSR)和三核苷酸(423个SSR)占主导地位,所占比例分别为28.96%和34.70%;出现最多的重复基元是AG/CT,占总数的25.59%,其次为AAG/CTT(94个,占7.71%)。针对1176条含有SSR的EST设计合成了978对引物。用两份甘蓝自交系对978对引物进行初筛,897对引物有扩增产物,共扩增出1026条扩增带;128对引物表现出多态性,共有258条多态性带(占总带数的25.15%)。利用4对多态性引物,初步构建了中甘11、8398、中甘15、中甘21杂交新品种及其亲本的指纹图谱。以上结果说明从甘蓝相关EST数据库中开发的SSR引物有较好的可用性。

分类号： S635.3

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