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茶树花转录组微卫星分布特征

文献类型： 中文期刊

作者： 王丽鸳;韦康;张成才;成浩

作者机构：

关键词： 茶树;微卫星;花;转录组

期刊名称：作物学报

ISSN： 0496-3490

年卷期： 2014 年 40 卷 01 期

页码： 80-85

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用Perl语言,对茶树花转录组序列进行大通量SSR位点的发掘,发现含SSR的序列10 290条,共12 582个SSR,平均2.41 kb出现一个SSR。在茶树花的转录组中共发现340种碱基重复模式,所占比例最高的是(AG/CT)n(44.99%)。在49 586条注释成功的茶树花Unigene中,共发现10 490个SSR位点,其中位于编码区的1917个,其出现频率仅为0.102 SSR/1000 bp,而非编码区为3.072 SSR/1000 bp。在基因编码区中出现频率最高的是三碱基微卫星(1140,59.5%),其次是六碱基微卫星(524,27.3%)。茶树花转录组所含微卫星以重复长度小于20 bp的序列最多,大于20 bp的仅为25.2%。茶树花转录组中,含微卫星基因的平均表达水平显著低于不含微卫星基因,其中含复杂微卫星基因的平均基因表达水平最低。

分类号： S571.1

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