口蹄疫病毒基因组IRES和Poly(C)之间功能未知区一级和二级结构分析
文献类型: 中文期刊
作者: 张显升;赵启祖;刘在新;常惠芸;江鹏斐;陈应理;李冬;魏怀录;戈银生;谢庆阁
作者机构:
关键词: 口蹄疫病毒株;参考毒株;序列分析
期刊名称:中国兽医科技
ISSN: 1000-6419
年卷期: 2001 年 31 卷 11 期
页码:
收录情况: 北大核心 ; CSCD
摘要: 用RT PCR法 ,以口蹄疫病毒 (FMDV )WH/ 99株牛舌水泡皮为材料 ,提取RNA及扩增目的cDNA ,然后与pGEM TEasy载体连接并转化JM 10 9菌株 ,再经重组质粒电泳、PCR和EcoRⅠ酶切鉴定 ;用DNAstar软件比较功能未知区的序列差异 ,以RNAdraw软件分析它们的二级结构。结果表明 ,7株FMDV的功能未知区序列长度介于 2 0 7— 2 5 6个核苷酸 ;序列分析表明 ,WH/ 99与AsiaⅠ 63 / 72、A2 4 /Cruzeiro、TWTY/ 97和TWCP/ 97的序列差异最大 ,预示此区段可能与病毒感染嗜性有关 ;二级结构分析表明 ,A2 4 /Cruzeiro、AsiaⅠ 63 / 72和TWCP/ 97均有 5个结构域 ,WH/ 99和TWTY/ 97具有 6个结构域。TWTY/ 97和TWCP/ 97二级结构的差异可能是TWTY/ 97功能未知区第 2 0位插入的“C”所致 ,而O1K/66和O1Campos仅有 3个结构域。 2株猪O型FMDV功能未知区 5′端存在着连续的核苷酸缺失现象 ,最多达 5 2个 ,唯有3株牛O型FMDV(O1K/ 66、O1Campos和WH/ 99)在上述位置无任何缺失。
分类号: S852.65
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