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口蹄疫O型Ind-2001毒株VP1蛋白T细胞、B细胞优势抗原表位的预测

文献类型： 中文期刊

作者： 高瞻;常艳燕;张光磊;邵军军;孔洁;常惠芸

作者机构：

关键词： 口蹄疫病毒;预测;二级结构;抗原表位;疫苗

期刊名称：中国病原生物学杂志

ISSN： 1673-5234

年卷期： 2019 年 14 卷 12 期

页码： 1398-1402

收录情况： 北大核心（2020版） ; CSCD（2020-2021年度） ; 科技核心（2020版）

摘要： 目的 获得口蹄疫病毒O/Ind2001株VP1蛋白的抗原信息. 方法 采用生物信息学方法预测VP1蛋白二级结构及其T、B淋巴细胞优势抗原表位.从GenBank中获取蛋白基因信息,通过DNAStar生物学软件、SOMPA预测蛋白质的二级结构及其理化性质;通过Phyre的同源建模服务器预测蛋白质三级结构;通过ABCpred、SYFPEITHI、IDBE等工具联合预测蛋白的T、B淋巴细胞的优势抗原表位. 结果 该蛋白由213个氨基酸组成,原子组成为C1048H1674N298O310S4,pI值为9.32,不稳定系数为21.89,亲水系数-0.327,为稳定性亲水蛋白.其二级结构主要成分为无规则卷曲,约占47.42%,预测含有多个T、B淋巴细胞抗原表位. 结论 生物信息学方法预测口蹄疫O型Ind-2001毒株VP1蛋白为稳定性蛋白,含有T、B淋巴细胞抗原表位,可为其表位疫苗的研究提供参考.

分类号： R37

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