数字农科院2.0

全基因组关联分析筛选文昌鸡体尺性状相关分子标记

文献类型： 中文期刊

作者： 骆娜;安炳星;魏立民;文杰;赵桂苹

作者机构：

关键词： 全基因组关联分析;鸡;体尺性状;胫长;胫围

期刊名称：中国农业科学

ISSN： 0578-1752

年卷期： 2024 年 57 卷 10 期

页码：

收录情况： 北大核心（2023版） ; ; CSCD（2023-2024年度） ; ; 科技核心（2024版） ; ; 农林核心（2020版）

摘要： 【目的】体尺是评价禽类生长特性的主要指标,通过筛选与文昌鸡体尺性状相关的分子标记及候选基因,为解析体尺性状的遗传机制及分子育种提供理论支撑。【方法】利用海南省文昌鸡品系3个世代(n=2024)群体作为研究对象,测定每只鸡在上市日龄的胫长、胫围、体斜长、龙骨长及胸宽等5个体尺性状。采集血液进行鸡“京芯一号”55 K芯片测序及基因分型,使用GEMMA软件与PLINK软件进行全基因组关联分析,鉴定与体尺性状相关的SNP位点和候选基因,通过LD分析鉴定与体尺性状显著相关的单倍型。【结果】表型结果显示,113日龄文昌鸡公鸡平均胫长8.64 cm,胫围0.46 cm,体斜长19.73 cm,龙骨长12.32 cm,胸宽6.81 cm；母鸡平均胫长6.98 cm,胫围0.40 cm,体斜长17.79 cm,龙骨长10.45 cm,胸宽6.24 cm。经过质控后,共保留42206个SNPs和2024个个体用于后续研究。使用Plink软件进行PCA主成分分析,结果发现3个世代群体存在一定的分散情况,因此在GWAS关联分析中加入了前3个主成分作为协变量,以校正群体结构对关联分析的影响。GWAS结果研究共鉴定出19个SNPs位点与胫长性状显著或建议性显著相关(P值分别为2.17789E-06和4.35578E-05),23个SNPs位点与胫围性状显著或建议性显著相关,7个SNPs位点与体斜长性状显著或建议性显著相关,2个SNPs位点与龙骨长性状显著或建议性显著相关,未鉴定出与胸宽性状或建议性显著相关的SNPs位点。通过对显著性位点进行注释,结果共鉴定到16个体尺性状相关的候选基因,包括羧基末端LIM结构域结合蛋白2(LIM domain binding 2,LDB2)、染色体缩合蛋白G(non-SMC condensin I complex subunit G,NCAPG)、序列相似家族184成员B基因(family with sequence similarity 184 member B,FAM184B)、A型钾离子通道调节蛋白4(potassium voltage-gated channel interacting protein 4,KCNIP4)等。通过LD单倍型分析结果显示,GGA4存在3个显著关联的单倍型,对于胫长性状,rs316943436和rs313978573两个位点位于单倍型区块中；对于胫围性状,rs313196946AA、rs316242963、rs315796839、rs313978573、rs734365522共5个位点位于单倍型区块中；对于体斜长性状,只有1个位点(rs313978573)位于单倍型区块中,其中候选基因LDB2和NCAPG在显著的block区块中被注释到。【结论】经GWAS方法筛选出SEPSECS、LGI2、DHX15、KCNIP4、NCAPG、FAM184B、LDB2、CC2D2A作为胫长性状潜在的候选基因；FH、TBC1D1、DTHD1、SEPSECS、LGI2、SOD3、PPARGC1A、KCNIP4、NCAPG、FAM184B、CLRN2、LDB2、TAPT1、CC2D2A作为胫围性状潜在的候选基因,KCNIP4、LDB2、TAPT1、NRXN3作为体斜长性状潜在的候选基因,FAM184B作为龙骨长性状潜在的候选基因。总之,本文确定了LDB2、NCAPG和FAM184B等作为胫长、胫围、体斜长和龙骨长等体尺性状的潜在功能基因。为文昌鸡体尺性能的分子标记辅助选择育种提供理论支撑。

分类号：

  • 相关文献

[1]鸡胫长和胫围的全基因组关联分析. 孙艳发,刘冉冉,郑麦青,赵桂苹,张磊,吴丹,胡耀东,李鹏,文杰. 2013

[2]鸡脾脏重全基因组关联分析. 沈曼曼,曲亮,窦套存,马猛,郭军,卢建,胡玉萍,李永峰,王克华. 2018

[3]鸡体重性状QTL的全基因组关联研究. 孙艳发,刘冉冉,郑麦青,赵桂苹,陈继兰,文杰. 2012

[4]京红蛋鸡体重、胫长和小肠生长规律及生长曲线拟合的研究. 宋丹,岳洪源,李连彬,高玉鹏,武书庚,齐广海. 2015

[5]清远麻鸡体重和胫长生长曲线的拟合. 邹剑敏,宋迟,单艳菊,宋卫涛,束婧婷. 2012

[6]不同杂交组合优质冷鲜鸡体尺与屠宰性能相关及回归分析. 屠云洁,束婧婷,章明,许盛海,吴俊峰,单艳菊,姬改革,盛中伟,邹剑敏. 2017

[7]2个品系肉鸡体尺性状和屠宰性状的典型相关分析. 赵振华,黎寿丰,黄华云,李春苗,张静,薛龙岗. 2012

[8]肃南鹿场甘肃马鹿生产性能研究. 侯扶江,李广,常生华,于应文,安玉峰. 2004

[9]鲁西牛和秦川牛体尺性状与胴体性状间典型相关分析. 张猛,李姣,袁峥嵘,贺建宁,高雪,高会江,陈金宝,李俊雅,许尚忠. 2010

[10]高邮鸭血浆生化指标与体重、体尺的相关性分析. 朱文奇,宋卫涛,徐文娟,宋迟,胡艳,李慧芳. 2014

[11]苏禽绿壳蛋鸡部分性状间的典型相关分析. 马猛,王克华,曲亮,郭军,沈曼曼,窦套存. 2015

[12]牛生长分化因子5基因序列特征及单核苷酸多态性分析. 刘永峰,昝林森,李奎,赵栓平. 2009

[13]奶水牛体尺性状与乳房性状间的典型相关分析. 邓廷贤,陆呈委,庞春英,谭正准,韦科龙,黄健,李辉,梁贤威. 2016

[14]11个地方鸡品种性状间的典型相关分析. 吴信生,徐琪,肖小珺,张学余,吴圣龙,包文斌,李碧春,陈国宏. 2008

[15]南德温杂交肉牛生长分化因子10基因多态性与体尺性状的关联分析. 郭宪,李天科,裴杰,包鹏甲,秦文,阎萍. 2014

[16]徐海长距鸡体尺性状与屠宰性状间的典型相关分析. 沈曼曼,王克华,曲亮,郭军,马猛,窦套存. 2015

[17]萧山鸡体尺性状、产肉性状与血液生化性状的典型相关分析. 吴信生,徐琪,张学余,吴圣龙,成荣,陈国宏. 2008

[18]日本绿雉与美国七彩雉鸡体尺和屠宰性能测定及相关性分析. 吴琼,宁浩然,宋超,袁红艳,李启军,邢秀梅. 2017

[19]蒙古雉鸡体尺和屠宰性状测定及相关性分析. 吴琼,袁红艳,宁浩然,宋超,邢秀梅. 2018

[20]多元回归方程估测北京鸭屠体性状的研究. 李花妮,侯水生,刘小林,黄苇,王功帅,赵健楠. 2009

作者其他论文 更多>>