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中国GETV Ⅲ型变异株HN1株全基因组序列分析

文献类型： 中文期刊

作者： 许浒;冯子萱;龚帮俊;张思钰;李超;李金昊;郭镇洋;张雪莉;石佳豪;宋紫雨;彭金美;王倩;周国辉;汤艳东;安同庆;蔡雪辉;冷超粮;张洪亮;田志军

作者机构：

关键词： GETV;Ⅲ型变异株;分子特征

期刊名称：中国预防兽医学报

ISSN： 1008-0589

年卷期： 2024 年

页码：

收录情况： 北大核心（2023版） ; ; CSCD（2023-2024年度） ; ; 科技核心（2024版） ; ; 农林核心（2020版）

摘要： 盖塔病毒（GETV）是一种蚊媒RNA病毒广泛分布于亚洲和泛太平洋国家，其感染宿主众多，对猪致病力高。2024年7月至8月，河南和湖北省的8个规模化养猪场2个月时间内集中出现哺乳仔猪发烧、腹泻和死亡等临床症状，仔猪发病率约为10%～20%，死亡率高达100%。为探究疾病暴发的原因，本研究在8个猪场分别采集肺脏、脾脏、肠道组织，每个猪场合为1个样品，共8份临床样品。采用RT-qPCR和qPCR方法鉴定各疑似病原，结果显示8份样品ASFV、PRRSV、CSFV、PCV2、PCV3和PRV均为阴性。进一步利用RT-PCR在8份样品中扩增出GETV的Nsp3和E2基因，8份样品GETV均为阳性，确定本次疫情由GETV引起。测序获得8份样品Nsp3和E2基因序列，并选取其中1株（HN1）分8段扩增全长基因，利用SeqMan拼接获得全基因组序列。参照GenBank中GroupI-IV型GETV代表株的E2基因、Nsp3基因和全基因组序列，利用Megalign软件分析本研究鉴定的GETV与各型代表株E2基因序列的相似性，利用MEGA7.0构建上述GETVE2基因和全基因组序列遗传进化树，分析其遗传变异情况。利用Megalign软件分析各型GETV Nsp3氨基酸序列，分析是否存在一致的氨基酸突变特征。E2基因序列相似性比对结果显示，本研究鉴定的各株GETV之间E2基因氨基酸同源性达到100%，同时与Group Ⅲ型代表株GETV-V1株的核苷酸同源性较高（98.5%～98.6%）。基于E2基因和全基因组序列构建进化树结果显示，本研究鉴定的GETV均属于Group Ⅲ型（Ⅲ型），形成了一个独立分支，将其命名为GETV Ⅲ型变异株。Nsp3氨基酸序列比对分析发现，GETV Ⅲ型变异株与其他GETV相比在S329、T/I381和G503处存在3个特征性氨基酸突变，可以作为鉴别GETV Ⅲ型变异株的分子特征，且特征性氨基酸突变均位于Nsp3的高变结构域（HVD）内，可能与GETV Ⅲ型变异株毒力增强有关。本研究首次鉴定了GETV Ⅲ型变异株，并首次报道了GETV Ⅲ型变异株在我国河南和湖北省引起疫病的集中暴发，对了解我国GETV流行现状以及对GET的防控均具有重要的指导意义。

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