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基于RNA-seq和PER-seq联合分析探究ZmHDZ6表达调控网络

文献类型： 中文期刊

作者： 方应浩;周波;陈茹梅;杨文竹;秦慧民

作者机构：

关键词： RNA-seq;PER-seq;转录因子;ZmHDZ6;靶基因;Motif

期刊名称：作物学报

ISSN： 0496-3490

年卷期： 2025 年

页码：

收录情况： 北大核心（2023版） ; ; CSCD（2025-2026年度） ; ; 科技核心（2024版） ; ; 农林核心（2024版）

摘要： 玉米是需水量较大的作物，而干旱是制约玉米生产的主要因素。结合前期研究基础和相关研究进展，发现ZmHDZ6受旱诱导强烈，且过表达植株表现出优良的抗旱性能。为探究玉米转录因子ZmHDZ6的下游调控机制，通过对ZmHDZ6过表达转基因玉米株系进行RNA-seq测序，对自交系B73原生质体进行PER-seq (protoplast transient expression-based RNA-sequencing)测序，并进行联合分析。结果显示，2种测序策略得到的差异表达基因(DEGs)呈现一致性，功能主要集中在参与氧化还原反应等GO富集分析条目。KEGG分析显示都富集在苯并噁唑嗪酮类化合物代谢途径上。此外，基于RNA-seq的DEGs在氨基酸和核苷酸代谢途径富集，而基于PER-seq的DEGs还富集在核糖体生物发生代谢途径。因此，推测ZmHDZ6可能通过调控与氧化还原相关基因和苯并噁唑嗪酮类化合物的代谢进而增强玉米抗旱性。通过进一步在129个Co-DEGs (Common DEGs)的启动子序列扫描HDZIP I家族的DNA结合基序(motif)，将潜在靶基因缩减至16个，其中8个基因的功能...

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