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深度测序鉴定绵羊microRNA转录组

文献类型： 中文期刊

作者： 张世芳;魏彩虹;陆健;张小宁;周鑫磊;张淑珍;王光凯;曹家雪;赵福平;张莉;杜立新

作者机构：

关键词： Solexa测序;Texel绵羊;背最长肌;microRNA转录组

期刊名称：中国畜牧兽医

ISSN： 1671-7236

年卷期： 2013 年 40 卷 09 期

页码： 19-22

收录情况： 北大核心

摘要： 本研究采集的Texel绵羊胎儿的背最长肌样品包括5个发育阶段:70、85、100、120和135 d。通过采用Solexa测序技术对混池样品进行了microRNA(miRNA)深度测序,获得了16532850条原始序列读数。使用ACGT101-miR v4.2分析软件对miRNA测序数据进行了深度发掘;通过与最新的哺乳动物成熟miRNA序列(miRNA数据库:miRBase v17.0)、miRNA前体序列、绵羊基因组序列(绵羊基因组数据库,2010年2月)的比对分析,对绵羊microRNA转录组数据库进行了大幅更新,pre-miRNA(miRNA前体)序列增至1529条,编码的miRNA成熟体序列增至1999条。通过实时荧光定量PCR技术对深度测序获得的5个miRNA在混池样品中进行了验证。绵羊miRNA的研究起步较晚,而miRNA的发现与鉴定将促进基因调控机制及miRNA功能的研究。

分类号： S826

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