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萝卜全基因组中SPL基因家族成员的鉴定与分析

文献类型： 中文期刊

作者： 刘婷婷;李晓曼;张晓辉;王海平;阳文龙;宋江萍;贾会霞;刘同金;李锡香

作者机构：

关键词： 萝卜;SPL基因家族;基因组分布;生物学特点;基因表达

期刊名称：植物遗传资源学报

ISSN： 1672-1810

年卷期： 2021 年 22.0 卷 4.0 期

页码：

收录情况： 北大核心（2020版） ; CSCD（2020-2021年度） ; 农林核心（2020版） ; 科技核心（2020版）

摘要： SQUAMOSA启动子结合类蛋白(SPL)基因家族,作为一类在植物中广泛存在的转录因子,在植物生长发育、信号转导及生理生化过程等方面具有重要作用.本研究通过生物信息学方法,从萝 卜基因组中鉴定出分布于8条染色体上的26个SPL基因,并将其按照所处染色体位置命名为RsSPL1～RsSPL26.其氨基酸数目在139～1021aa,蛋白分子量在16167.7～112219.48 Da,等电点分布在5.77～9.67,外显子数量从2到11个不等.microRNA结合位点预测发现12个RsSPL含有miR156的结合位点,11个RsSSPL含有miR157的结合位点.对它们在不同组织和发育时期的表达模式研究发现,该基因家族成员具有一定的时空表达差异性,且同一个亚家族的成员具有相似的表达模式.本研究为萝卜 SPL基因家族的功能研究奠定了基础.

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