数字农科院2.0

三种侧耳属真菌基因组密码子偏好性比较分析

文献类型： 中文期刊

作者： 甘颖;袁滨;韩星;林俊彬;苗人云;段昕莲;严俊杰;甘炳成

作者机构：

关键词： 侧耳;核基因组;密码子偏好性;选择压力;异源表达

期刊名称：菌物学报

ISSN： 1672-6472

年卷期： 2022 年

页码：

收录情况： 北大核心（2020版） ; ; CSCD（2021-2022年度） ; ; 科技核心（2021版）

摘要： 为了解3种侧耳属真菌基因组密码子的使用偏性及影响因素，本研究以糙皮侧耳、刺芹侧耳和白灵侧耳基因组CDS序列为研究对象，通过生物信息学方法对3种侧耳密码子使用偏性进行了分析。结果表明，3种侧耳基因组总碱基组成差异小，GC含量高。RSCU、RFSC分析表明糙皮侧耳G/C结尾的偏好密码子的比例最高（82.14%），并且有3个特有偏好密码子。3种侧耳共有偏好密码子25个，以G/C结尾的占80%；共有高频密码子3个，均以G/C结尾。密码子相似性分析表明3种侧耳密码子使用模式比较相似（相似性指数均小于0.001），其中刺芹侧耳与白灵侧耳的相似性最高（相似性指数为0.000 259 014）；且3种侧耳密码子的使用频率与灰盖鬼伞和金针菇较为接近。PR2-plot、ENc-GC3和中性绘图分析表明3种侧耳密码子偏好性使用主要受自然选择影响，在一定程度上也受碱基突变压力和其他因素影响。上述结论为分析侧耳真菌的进化规律及选择最佳异源表达受体系统提供了依据。

分类号：

  • 相关文献

[1]牦牛分子遗传多样性研究进展. 马志杰,钟金城,韩建林,徐惊涛,刘仲娜,白文林. 2013

[2]食用菌菌种结实性和产量性状早期鉴定的初步研究. 张金霞,左雪梅. 1996

[3]基于ITS序列对3个侧耳菌种的分子鉴定. 高山,胡平,边银丙,张金霞. 2008

[4]野生肺形侧耳的多样性分析. 陈强,黄晨阳,张彪,张金霞. 2010

[5]“兰箭3号”春箭筈豌豆叶绿体全基因组草图及特征分析. 陶晓丽,马利超,聂斌,王彦荣,刘志鹏. 2017

[6]紫花苜蓿bZIP基因家族的鉴定、 进化及表达分析. 齐晓,张正社,闵学阳,孙启忠,刘文献. 2017

[7]茄腐镰孢(Fusarium solani)线粒体基因组密码子偏好性分析. 李秀璋,宋辉,李春杰. 2015

[8]扁蓿豆叶绿体基因组密码子偏好性分析. 田春育,武自念,李贤松,李志勇. 2021

[9]赖草属叶绿体基因组密码子偏好性分析. 刘文丽,王智勇,田春育,杨艳婷,刘倩,冯玉梅,武自念,李志勇. 2024

[10]黄花型扁蓿豆叶绿体基因组及其系统发育分析. 温静,郭茂伟,朱琳,李志勇,李鸿雁,魏鹏,闫慧芳,赵诚贵. 2024

[11]26种真菌UGPase基因的密码子使用偏好性与进化分析. 段昕莲,严俊杰,甘颖,袁滨,林俊彬,韩星,甘炳成. 2024

[12]H5N1和H9N2新亚型流感病毒在中国猪群中出现. 李海燕,于康震,杨焕良,辛晓光,毕英佐,陈化兰. 2003

[13]玉米不同基因型对氮营养胁迫的反应. 向春阳,常强,马兴林,关义新,凌碧莹,张宝石. 2002

[14]长牡蛎(Crassostrea gigas)EST串联重复序列的组成和分布. 李莉,张国范. 2011

[15]哺乳动物MT基因的进化选择与功能分歧. 姬广超,王明辉,高会江,潘玉春. 2010

[16]新城疫病毒F基因重要功能区和HN基因单核苷酸多态性研究. 张晓东,刘怀然,刘培欣,刘胜旺,孔宪刚. 2010

[17]我国不同年代主推玉米品种耐旱性的变化趋势. 孙琦,张世煌,李明顺,孟昭东,张发军,李文才,于彦丽. 2012

[18]基于H蛋白基因的犬瘟热病毒序列分析. 李丹丹,刘光清. 2015

[19]农杆菌介导法转化大豆子叶节的影响因素研究. 陈李淼,田星星,单志慧,李文滨,周新安. 2012

[20]连锁群选育法:一种新型的遗传学鉴定基因方法. 郭涛,黄兵,董辉,韩红玉,赵其平,姜连连,李洋,平宪卿. 2009

作者其他论文 更多>>