文献类型： 中文期刊
作者： 赵润泽;闵兆玲;牛乃琪;宗文成;闫益波;张龙超
作者机构：
关键词： 北京黑猪;胸椎数;基因组;转录组;候选基因
期刊名称：中国畜牧兽医
ISSN： 1671-7236
年卷期： 2025 年 09 期
页码：
收录情况： 北大核心（2023版） ; ; CSCD（2025-2026年度） ; ; 科技核心（2024版） ; ; 农林核心（2024版）
摘要： 【目的】本研究旨在精准定位并筛选影响北京黑猪胸椎数的候选基因,为深入解析北京黑猪胸椎数基因调控机制提供关键信息。【方法】选取645头北京黑猪,通过增加猪7号染色体(Sus scrofa chromosome 7,SSC7)数量性状基因座(quantitative trait locus,QTL)中基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)密度开展全基因组关联研究(genome-wide association study,GWAS),结合连锁不平衡(linkage disequilibrium,LD)分析,筛选影响北京黑猪胸椎数的候选基因。对北京黑猪胸椎数双选系的5个17胚龄胚胎进行转录组差异表达基因分析,利用DOSE、org.Ss.eg.db、topGO以及clusterProfiler等软件包对差异表达基因展开GO功能和KEGG通路富集分析,并通过多组学联合分析确定影响胸椎数的关键基因。【结果】对SSC7的GWAS结果中最显著的位点进行LD分析,最终将与北京黑猪胸椎数相关区域精确定位到SSC7:97 619 505―97 779 063 bp,该区间内包含VRTN、SYNDIG1L、NPC2、ISCA2和LTBP2共5个候选基因。GO功能富集分析显示,在生物过程、细胞组分和分子功能三大类别中分别显著富集到401、31、50个条目,其中与胸椎发育相关的生物过程包括Wnt信号通路的正调控和骨矿化等条目,分子功能涵盖钙离子结合等条目。KEGG通路富集分析表明,差异表达基因显著富集于41条通路,其中MAPK信号通路和PI3K/Akt信号通路与胸椎发育密切相关。整合分析结果发现,GO条目和KEGG信号通路共包含AKT1、CSF1、HOXA11和LTBP2等82个候选基因。【结论】多组学联合分析共同筛选到LTBP2基因,可作为影响北京黑猪胸椎数的重要候选基因。本研究首次用胸椎数表型差异的胚胎进行转录组表达差异分析来筛选候选基因,为探究影响猪胸椎数的机制提供了新见解。
分类号：
- 相关文献
[1]基于转录组和基因组数据筛选剑白香猪两头乌毛色的候选基因. 胡紫平,苏艳芳,宗文成,牛乃琪,张龙超,王源. 2025
[2]北京黑猪RBP4基因与繁殖性状的关联分析. 罗仍卓么,王立贤,孙世铎. 2008
[3]北京黑猪FSHβ亚基基因的多态性与繁殖性状的关联分析. 罗仍卓么,王立贤,孙世铎. 2007
[4]北京黑猪与杜洛克猪肌内脂肪沉积相关基因的筛选. 白云华,王立贤,陈华林,麻柱,杨超,路永强,王楚端,黄全奎,邢凯,王朝军,薛振华. 2024
[5]半红树植物水黄皮分子生物学研究进展. 黄健子,张万科,黄荣峰,郑易之. 2015
[6]半红树植物水黄皮分子生物学研究进展. 黄健子,张万科,黄荣峰,郑易之. 2014
[7]大豆基因组和转录组的核基因密码子使用偏好性分析. 张乐,金龙国,罗玲,王跃平,董志敏,孙守红,邱丽娟. 2011
[8]高通量测序技术研究棉蚜携带病毒种类. 吕丽敏,王春义,雒珺瑜,李春花,崔金杰. 2014
[9]吉陶单极虫(Thelohanelluskitauei)基因组信息揭示了其强大的寄主(鲤鱼)营养剥夺能力. 杨雅麟,熊杰,周志刚,霍凤敏,刘玉春,缪炜,王蒙,章晋勇,王敏,王磊,姚斌. 2013
[10]猪T细胞受体β链转录组与基因组分子结构研究进展. 姚文娟,房永祥,刘泰安,王春燕,景志忠. 2015
[11]整合基因组和转录组筛选调控北京鸭脂肪沉积的候选基因. 刘嗣睿,刘洪飞,刘大鹏,牟启铭,唐贺贺,张鹤,张永福,侯水生,周正奎. 2025
[12]水貂重要经济性状组学研究及基因组选择育种现状. 荣敏,张敏,任传征,吕延飞,谭善云,张然然. 2024
[13]Chromosome-level genome of a multivoltine biotype Ostrinia furnacalis strain. Liu, Kaiqiang,Zhang, Tiantao,Zhang, Yongjun,Wang, Zhenying,He, Kanglai. 2025
[14]Stage‐specific transcriptome profiling highlights key modules associated with structurally conserved secreted proteins in Puccinia polysora infection of maize. Yuanwen Guo, Yuyan Liu, Jie Mei, Zeyu Jiao, Yan Yang, Wende Liu. 2025
[15]VRTN及NR6A1基因多态性与苏尼特羊胸椎数变异的相关性及组织表达分析. 孙庆,刘树军,狄冉,胡文萍,王翔宇,马琳,张效生,张金龙,刘秋月,储明星. 2019
[16]绵羊HERC1和ALDH6A1多态性与胴体性状的关联分析. 郭思武,刘玉芳,储明星. 2022
[17]绵羊IQCA1、PARS2及ANO7多态性与胴体性状的关联分析. 郭思武,刘玉芳,储明星. 2022
[18]论我国地方猪种资源的利用. 王立贤,程笃学,赵克斌,苏振环. 2006
[19]利用超声波图像活体预测北京黑猪肌内脂肪含量. 马小军,程笃学,王立刚,刘欣,宋欣,梁晶,张龙超,颜华,王立贤,陈来华,谢蜀杨. 2012
[20]棉籽饼;猪的良好蛋白质饲料. 高振川,张玉发,金月英,姜云侠,刘金旭. 1982
作者其他论文 更多>>
-
基于Fast SAM模型的猪肌纤维形态快速测量系统
作者：陈力;王金勇;阿超;陈鸿基;候欣华;高庭玥;蒋新;王立刚;唐家森;张龙超;王立贤
关键词：肌纤维;图像分割;FastSAM;HE染色
-
基于转录组和基因组数据筛选剑白香猪两头乌毛色的候选基因
作者：胡紫平;苏艳芳;宗文成;牛乃琪;张龙超;王源
关键词：剑白香猪;转录组;基因组;毛色;候选基因
-
SOX12基因在Vero细胞感染猪流行性腹泻病毒过程中的功能研究
作者：向娇娇;元娜;李慧慧;邵明珠;赵福平;张龙超;王立贤;石丽君;陈斌
关键词：猪流行性腹泻病毒(PEDV);SOX12基因;Vero细胞;基因干扰
-
18β-甘草次酸可缓解D-半乳糖诱导断奶仔猪氧化应激肺损伤
作者：王伏羲;马翠;黄康;李蕊彤;赵青余;张军民;闫益波;司玮
关键词：氧化应激;肺损伤;甘草次酸;断奶仔猪;转录组
-
基于基因组的SNP和ROH的河套大耳猪群体遗传结构解析
作者：田明;王文清;程士哲;何鑫淼;王文涛;吴赛辉;王坤;李虎山;王玮婕;张龙超;刘娣
关键词：河套大耳猪;群体结构;ROH (runs of homozygosity);SNP (single nucleotide polymorphism);遗传多样性
-
北京黑猪全基因组ROH检测和选择信号分析
作者：田晶晶;王晓庆;李棉燕;王海玲;吴启钿;王立贤;张龙超;赵福平
关键词：北京黑猪;芯片数据;ROH;iHS
-
北京黑猪LPL和NUDT3基因多态性及其与肉质性状的关联分析
作者：苏艳芳;牛乃琪;宗文成;刘先策;刘海;石国华;井西涛;张龙超
关键词：北京黑猪;NUDT3基因;LPL基因;肉品质;关联分析