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基于基因组的SNP和ROH的河套大耳猪群体遗传结构解析

文献类型： 中文期刊

作者： 田明;王文清;程士哲;何鑫淼;王文涛;吴赛辉;王坤;李虎山;王玮婕;张龙超;刘娣

作者机构：

关键词： 河套大耳猪;群体结构;ROH (runs of homozygosity);SNP (single nucleotide polymorphism);遗传多样性

期刊名称：畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2025 年

页码：

收录情况： 北大核心（2023版） ; ; CSCD（2025-2026年度） ; ; 科技核心（2024版） ; ; 农林核心（2024版）

摘要： 本研究通过基因组学方法系统评估了河套大耳猪的群体遗传特征，为其种质资源保护提供科学依据。基于50K SNP芯片数据，采用plink （v1.90），GCTA软件（v1.93），MEGAX （v10.0）等软件进行分析获得PCA，遗传距离，亲缘关系，近交系数以及系统发育树信息，利用多维度分析方法对78头河套大耳猪进行检测。群体结构分析表明，该群体可划分为4个亚群，平均遗传距离为0.793，6个公猪血统构成其家系基础。基因组纯合片段（ROH）分析共检测到2 601个片段，个体平均携带21个ROH，平均长度7.77 Mb，群体近交系数(FROH)为0.13。综合分析显示，该群体具有家系数量有限、公畜血统较少、中等亲缘关系、低近交水平等特点。这些基因组层面的研究结果为河套大耳猪的种群优化和遗传改良提供了重要参考。

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