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北京黑猪全基因组ROH检测和选择信号分析

文献类型： 中文期刊

作者： 田晶晶;王晓庆;李棉燕;王海玲;吴启钿;王立贤;张龙超;赵福平

作者机构：

关键词： 北京黑猪;芯片数据;ROH;iHS

期刊名称：畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2024 年

页码：

收录情况： 北大核心（2023版） ; ; CSCD（2023-2024年度） ; ; 科技核心（2024版） ; ; 农林核心（2020版）

摘要： 旨在基于长纯合片段（ROH）和选择信号iHS分析北京黑猪群体的遗传结构，挖掘与经济性状相关的候选基因。本研究的对象为北京黑猪群体，平均日龄为210d。对729头北京黑猪的illuminaPorcine50K芯片数据进行质控和填充后，进行ROH和iHS的分析。本研究选择参与组成ROHs的前1%的SNPs作为ROH岛的阈值，将超过此阈值的区域称为ROH岛。保留标准化的 iHS 值中排在前1%的所有SNP位点，将位点上下游各延伸200kb作为选择信号iHS得到的强受选择区域。将选择信号的强受选择区域与ROH岛重叠的区段定为本研究的候选区域。本研究最终保留724个体和45 585个 SNPs，通过ROH分析共识别到10个ROH岛，这些岛内包含449个SNPs，iHS分析的结果显示，保留得分排在前1%的位点后，共有376个强受选择位点。最终，我们在5个iHS的强受选择区域与ROH岛的重叠的区域内，注释到18个基因，其中包括一些已知的影响猪肉质和生长发育过程的基因。本研究分析了北京黑猪群体ROH的分布，并结合选择信号，揭示了北京黑猪受选择的位点和候选基因，该研究结果为深入探讨北京黑猪的群体特性及经济性状的遗传机制提供重要参考。

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