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两株2.1d新基因亚型猪瘟病毒的全基因组序列分析及其基因亚型分子特征

文献类型： 中文期刊

作者： 冯丽苹;张洪亮;彭金美;刘春晓;王倩;李真;吴桐;翁长江;蔡雪辉

作者机构：

关键词： 猪瘟病毒;2.1d亚型;分子特征

期刊名称：中国预防兽医学报

ISSN： 1008-0589

年卷期： 2016 年 38 卷 01 期

页码： 1-5

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为研究猪瘟病毒(CSFV)2.1d新基因亚型的基因组特征,本研究根据Gen Bank中登录的Zj0801株CSFV全基因组序列设计合成6对引物,通过RT-PCR方法对2014年分离自山东的两株2.1d亚型CSFV(SDSG1410和SDLS1410)进行全基因组测序,两株CSFV全长均为12 296 nt。全基因组遗传演化分析表明这两个分离株位于一个独立分支中,属于2.1d亚型,与E2基因分型结果一致。核苷酸和推导氨基酸同源性分析显示,分离株全基因组同源性与参考株相比差异较大,与Zj0801株的全基因组同源性最高为97.3%~97.5%,而与1.1亚型的Shimen和HCLV株的同源性仅为85.0%~85.1%和84.3%~84.4%;部分基因和非翻译区变异较大,如N~(pro)、C、E2、NS2、NS5A和3'UTR。对全基因组氨基酸序列分析,结果显示2.1d亚型CSFV在V~(640)、K~(992)、A~(1020)、M~(1090)、R~(1395)和D~(2374) 6处氨基酸上具有共同的分子特征。以上研究结果增加了CSFV 2.1d新基因亚型的分型依据。

分类号： S852.65

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