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牛亚科物种TRs分布特点及着丝粒区卫星DNA进化研究

文献类型： 中文期刊

作者： 张瑞;马钧;陈燕;张天留;范婷婷;朱波;张路培;徐凌洋;高会江;李俊雅;高雪

作者机构：

关键词： 牛亚科; 串联重复序列; 卫星DNA; 进化

期刊名称：畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2021 年 52.0 卷 10.0 期

页码：

收录情况： 北大核心（2020版） ; CSCD（2020-2021年度） ; 农林核心（2020版） ; 科技核心（2020版）

摘要： 旨在研究牛亚科物种间串联重复序列（tandem repeats sequence, TRs）的分布特点及着丝粒区卫星DNA的进化关系。本研究基于普通牛、瘤牛、牦牛、水牛、野牛、独龙牛6个牛亚科物种的基因组序列,研究了不同物种间TRs的组成、分布及结构特点,并分析了6个牛亚科物种染色体着丝粒区卫星DNA的进化关系。结果表明:1)TRs在牛亚科物种中平均占比为2.03%,平均长度54.93 Mb,其中普通牛的占比最高3.42%（93.00 Mb）,瘤牛最低1.42%（37.88 Mb）。2)微卫星DNA在3类TRs中位点数最多,为483 405,占TRs总位点数85.64%,高于小卫星DNA（43 026,7.62%）和卫星DNA（38 180, 6.75%）。3)通过对微卫星DNA丰度和平均长度分析发现,二碱基微卫星DNA在牛亚科物种中丰度最高,为70.93 loci/Mb,且以AC拷贝类别为主。4)通过构建着丝粒区1.715和1.723卫星DNA的系统发育树发现,1.715卫星DNA普遍存在于牛亚科物种的基因组中,而1.723卫星DNA在牦牛中不存在,两类卫星DNA在不同物种间或不同染色体上存在不同程度分化,具有较明显的种间特异性。TRs在牛亚科6个物种中平均占比为2.03%,微卫星DNA为TRs主要序列,且二碱基微卫星丰度最高,并以AC拷贝类别为主;1.715卫星DNA普遍存在于6个牛亚科物种的基因组中,但在物种间或染色体间存在不同程度分化。本研究结果为牛亚科物种间TRs分布特征及进化关系研究提供了重要理论依据。

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